Giovanni Bononcini è il maggiore e il più noto dei figli di Giovanni Maria Bononcini (1642 – 1678).
Il percorso artistico di Giovanni, segnato dal precocissimo talento strumentale (era violoncellista) e compositivo, non è estraneo alla fama del padre.
Quest’ultimo, violinista, compositore e teorico, ha infatti largamente contribuito a modernizzare la musica strumentale della sua epoca. Il suo trattato Musico pratico (1673) fu largamente utilizzato fino al 1725 e la sua influenza sui musicisti del XVIII secolo è comprovata.

Modena e Bologna
Giovanni Bononcini si trasferisce a Bologna alla morte del padre.
Qui studia contrappunto con Giovanni Paolo Colonna; a 15 anni pubblica le sue op. 1, 2 e 3 e diventa membro dell’Accademia de’ Filarmonici il 30 maggio del 1686.
Sempre a Bologna, per i due anni successivi è cantore e violoncellista a San Petronio, e nel 1687 viene nominato maestro di cappella a San Giovanni in Monte quale successore di Giuseppe Felice Tosi.
Comporrà per San Petronio due Oratori per la Quaresima (1678 – 1679) e per San Giovanni in Monte quattro Messe brevi per doppio coro (1688, op. 7).

Milano, Roma
Dietro incarico del duca di Modena Francesco II d’Este, Bononcini trascorre un anno a Milano con il compito di scrivere per il suo protettore un oratorio, La Maddalena ai piedi di Cristo (1690). Lo stesso anno viene assunto dall’orchestra del cardinale romano Benedetto Pamphili. Tornato da Milano, il giovane compositore si stabilisce dunque a Roma nel 1692, al servizio della famiglia Colonna.
Il soggiorno romano segna una svolta nella carriera del Bononcini: conosce Silvio Stampiglia (a servizio dei Colonna già dal 1680), il quale diventerà il suo librettista di riferimento.
Dalla loro collaborazione nascono sei serenate, un oratorio e cinque opere teatrali che resero Bononcini famoso in  Italia e all’estero.
Due opere segnano la carriera di Bononcini in modo particolare: il Xerse (1694), che sarà ripreso da Georg Friedrich Haendel nel suo Serse nel 1738, e Il Trionfo di Camilla del 1696.
Secondo Geminiani, ciò che all’ascolto de Il Trionfo di Camilla “colpì il mondo musicale era l’allontanamento da quella arida, piatta melodia a cui i loro orecchi si erano fino a quel momento abituati”.
Nell’ottobre 1695 diventa membro della Congregazione di Santa Cecilia e nel 1696 è uno dei musicisti designati tra i fondatori di un ensemble esecutivo dell’Accademia d’Arcadia.
A Roma fu maestro di molti giovani musicisti: testimonianza ne è il sonetto dedicato a lui e al suo insegnamento da Giuseppe Valentini.

Vienna
Nel 1697, anno della morte di Lorenza de La Cerda moglie del suo protettore Filippo Colonna, Bononcini lascia Roma.  
Dopo un anno trascorso a Venezia, si stabilisce a Vienna nel 1698, dove viene nominato compositore di corte al servizio di Leopoldo I d’Asburgo e divenendo il compositore preferito dell’erede Giuseppe, che salirà al trono nel 1705.
Larga parte delle opere composte a Vienna, ad esempio La Fede pubblica (1699), saranno dedicate a Giuseppe o alla moglie. Grazie alla sua fama e alle sue ottime condizioni economiche, Giovanni fa venire a Vienna il fratello Antonio Maria (1677 – 1726), violoncellista, compositore e direttore d’orchestra, e Silvio Stampiglia con il quale riprende la proficua collaborazione.
Tuttavia la situazione politica (la guerra con la Francia) interrompe spesso la vita musicale di corte e in quel periodo Bononcini compie svariati viaggi in patria, a Roma, Padova, Bologna, Parma e Modena.
Fra il 1702 e il 1703 viene invitato da Sophie Charlotte di Hannover alla corte di Federico I di Prussia a Berlino: qui diventa protagonista della scena musicale quotidiana e compone due “petites bagatelles”, Cefalo e Polifemo.
Nel 1706 Bononcini è già famoso in tutta Europa. Raguenet, che nel 1698 aveva assistito a una produzione de Il Trionfo di Camilla a Roma, dichiara nel 1705 che più di 200 cantate di Bononcini sono ben note a Parigi, dove peraltro il compositore modenese era considerato “modèle pour le gracieux”.
La sua opera Il Trionfo di Camilla viene eseguita ben 64 volte al Royal Theatre Drury Lane di Londra, fra il 1706 e il 1709; nel 1707 viene fatto il tentativo di attirare il compositore nella città inglese, molte arie delle sue opere vengono inserite in diversi pasticci eseguiti tra il 1707 e il 1711.
Già noto in patria, Bononcini sarà il primo italiano a ottenere un simile successo sulla piazza londinese: sarà l’inizio della fama internazionale del modenese.
Gasparini conclude il suo trattato del 1708 con un elogio alla “bizzaria, bellezza, armonia, l’abile studio e la fantasiosa inventiva” delle cantate di Bononcini, circa 300 delle quali ci sono pervenute.
Secondo quanto riferisce Benedetto Marcello, il brano standard per le audizioni dei cantanti era la cantata bononciniana Impara a non dar fede.

Roma, Londra
Dopo la morte di Giuseppe I d’Austria nel 1711, Bononcini rimane per poco a Vienna; quindi lascia la città per Roma, dove si stabilisce nuovamente nel 1714 per restarvi sino al 1719.
A Roma scriverà una serenata (Sacrificio a Venere, 1714) e tre opere, di cui la più importante è l’Astarto (1714). Al seguito di una rappresentazione romana di quest’ultima opera Richard Boyle, conte di Burlington, invita Bononcini e Giovanni Rolli, il librettista dell’Astarto, a trasferirsi a Londra.
Bononcini arriva a Londra nell’ottobre del 1720; viene nominato direttore del King’s Theatre e, per intercessione del conte di Burlington, compositore alla Royal Academy of Music allora diretta da Georg Friedrich Haendel.
Durante due intere stagioni le opere di Bononcini saranno quelle più eseguite in assoluto: 71 rappresentazioni contro le 26 di opere di Haendel. L’esecuzione dell’Astarto sarà un trionfo e Crispo (1721) e Griselda (1722) godranno anch’essi di un enorme successo di pubblico.
Questo enorme successo sarà all’origine della nota rivalità fra il compositore modenese e il collega tedesco. Allo stesso tempo rivali e colleghi, rimane difficile stabilire fino a che punto i loro rapporti fossero realmente ostili. Infatti ebbero svariate volte occasione di lavorare insieme nell’orchestra dell’opera, nella quale Bononcini suonava come violoncellista e Haendel come cembalista. Per di più, le citazioni bononciniane sono numerose nell’opera di Haendel, a testimonianza di una stima musicale certa.
Tuttavia i due erano in acerrima concorrenza: la loro rivalità diventa complessa anche perché alimentata da una querelle di stampo politico (tensioni fra i cattolici e i protestanti e fra il partito degli Stuart e quello della famiglia reale): Haendel era spalleggiato dal Re mentre Giovanni godeva dei favori del duca di Malborough.
La morte di quest’ultimo (1722) in effetti indebolisce la posizione di Bononcini, mentre Haendel, nominato direttore del Haymarket Theatre, si afferma notevolmente sulla scena londinese. Malgrado questi rovesci di fortuna, il conte di Westminster, Francis Atterbury, lo incarica della composizione di un anthem per i funerali di Marlborough e la duchessa Henriette, figlia del Duca di Malborough, lo conferma direttore dei concerti privati della sua residenza.
La sua vita viene però messa a soqquadro da lì a poco. La duchessa è una nota Giacobita, e il conte Atterbury viene imprigionato per attività giacobite nel 1722. Proprio a causa di queste conoscenze e del suo retaggio cattolico, la sua fama a Londra fu presto portata alla rovina. La Royal Academy non lo ingaggia per la stagione del 1722. La sua opera Erminia viene prodotta nel marzo del 1723, ma sembra sia stata scritta per una produzione parigina, che in effetti viene realizzata nell’estate di quell’anno in Francia con cantanti della Royal Academy.
Rimane a Parigi fino al 1724, maturando l’idea di accettare un incarico offertogli dalla moglie del primo ministro francese. L’intenzione è deviata da un’offerta economicamente vantaggiosa della duchessa di Marlborough, che ottiene così di riaverlo a Londra, direttore dei suoi concerti privati fino al 1731, anno in cui un episodio assai sorprendente pone fine al suo soggiorno londinese.
In occasione di una riunione musicale all’Academy of Ancient Music, di cui Bononcini era membro attivo, viene notato che uno dei brani presentati a firma del compositore Antonio Lotti (Duetti, terzetti e madrigali) è identico alla cantata In una siepe ombrosa, scritta da Giovanni tre anni prima. Il litigio fra i due compositori diventa di pubblico dominio e, del tutto inaspettatamente, è Giovanni che viene accusato di plagio. Bononcini lascia allora definitivamente l’Inghilterra alla volta della Francia.

Parigi, Madrid, Lisbona, Vienna
Bononcini si trasferisce a Parigi nell’estate del 1731; sembra sia ancora al servizio della duchessa di Marlborough fino al novembre dello stesso anno, periodo in cui scrive una suite per il compleanno della figlia di Henriette. Ma l’anno successivo la separazione è ufficiale dal momento in cui pubblica XII Sonatas dedicate all’antagonista di Henriette, la madre Sarah.
A Parigi scrive diverse opere che vengono eseguite ai Concerts Spirituels, fra le quali un Laudate Pueri che viene ivi pubblicato. Nel 1733 lascia Parigi alla volta di Madrid, per poi dirigersi a Lisbona, dove pare sia rimasto fino al 1736; in entrambe le città eseguì e scrisse musica, ma nulla per il teatro.
Ritorna a Vienna verso la metà del 1736 e compone due opere ed un oratorio per un’esecuzione del 1737. L’imperatrice Maria Teresa gli commissiona un Te Deum nel 1741 e l’1 ottobre 1742 lo onora di una piccola pensione che gli permette di vivere gli ultimi cinque anni della sua vita in maniera confortevole.
Muore a Vienna il 9 luglio 1747.